La datazione dell'ambone è alquanto vaga. Il Mansi propone la data del 1060, ed avanza il nome di un artista quale autore : Alfano da Termoli, asserzione che non è condivisa da altri storici dell'arte, mentre i più sono concordi di ritenere che l'ambone si sia sviluppato in un periodo di tempo alquanto lungo ( XIII - XIV ) e con il concorso di molte mani.. Possiamo dire che l'ambone di San Giovanni ripropone uno degli impianti più antichi della tradizione , basato su un piano quadrilatero transennato con aggetto singolo o plurimo per il lettorile su pannelli ad archivolto poggiante su colonnine. Le colonne e i capitelli mostrano ornamenti totalmente diversi tra loro: tali elementi sono strutturati in modo preciso nella dinamica dell'edificio, poiché i due capitelli figurati occupano il lato sinistro dell'ambone, cioè il lato che da sulla navata centrale, mentre quelli vegetali occupano il lato destro che da sulla navata laterale.
Il capitello anteriore sinistro si presenta con un doppio giro di foglie di accanto mosse dal vento al di sopra delle quali sono rappresentate angolarmente un toro, un telamone, un aquila con un serpente in becco ed una figura maschile; al centro di ogni lato una leonessa , un arciere, una coppia di uccelli ed un gufo con un topolino in bocca. Il capitello posteriore sinistro è caratterizzato da un giro di foglie di acanto , mentre al centro di ogni lato ci sono quattro elementi figurati, e cioè un leone, un toro, un uomo sul dorso di un uccello ed una coppia di persone . I capitelli del lato destro invece non presentano niente di particolare.
Sui detti capitelli s'innalzano tre archetti, cesellati a mosaico, alla estremità sono raffigurati due pavoni Un finissimo cornicione marmoreo intagliato a medaglioni circonda e divide le due parti dell'ambone. Vari gli elementi scultorei, quali le figure poste sul lettorile e sul candelabro pasquale. La prima rappresenta un uomo in veste di diacono che con mano regge la veste e l'altra un libro evangelico sormontato da un aquila, mentre i piedi poggiano su due leoni che azzannano un 'ariete. Tutti gli attributi servono per rappresentare l'evangelista Giovanni, poiché l'aquila è il suo simbolo e le parole descritte sul libro, ricalcano quelle iniziali del suo vangelo; quanto ai leoni che azzannano l'ariete, si tratta di un'immagine che allude al sacrificio di Cristo.Le raffigurazioni di questi personaggi, anche se condotte entrambi con rigida bidimensionalità, sono diversi per elementi, ad esempio, la resa della capigliatura che nel primo presenta riccioli arricchiti dall'uso del trapano, mentre nel secondo è rappresentato in modo più semplice.
Il candelabro pasquale rappresenta tre chierici che recano nelle mani oggetti diversi tra loro e legati alla liturgia della notte pasquale. La figura anteriore regge una pergamena con la scritta in principio erat Verbum,la figura posteriore destra è probabilmente un francescano; indossa un saio con cappuccio e tonsurato e nelle mani regge un libro sacro con la scritta " Lumen Christi - Deo Gratias, mentre la figura posteriore sinistra è vestita con saio e regge nelle mani un turibolo o incensiere e navicella. Le riquadrature di gusto classico sono divise da tre colonnette a spirale decorate a mosaico; gli spazi sono ravvivati da uccelli . Due tori sempre a mosaico tra nove tondini di trifogli bianchi, azzuzzi e vermigli formano gli stemmi della famiglia Bove.
Nei prospetti anteriori, accanto ai dischi marmorei, nove bacini di ceramica, tra cui degni di nota sono:
il bacino con al centro un uccello nero dalle ali spiegate, di provenienza egiziana e attribuibile al "Maestro degli animali neri", operante nella grande capitale dei Fatimiti nel corso del XII sec;
Il "bacino" con l'iscrizione araba "baraka" (benedizione).
Sul lato terminale un pannello musivo raffigurante Giona che viene sputato dal pesce: un particolare interessante è il mare realizzato con l'accostamento di tessere di colore grigio-azzurro e un verde acqua.
Sotto ai pannelli dei mosaici del parapetto della scala è rappresentata l'apparizione del Cristo risorto, la scena "Noli me tangere", Maddalena in ginocchio, a sinistra, protende le mani per toccare il Cristo; Egli fa un gesto con la mano destra, leggermente alzata, per vietare di toccarlo. La sinistra regge l'asta di una bandiera bianca con croce bianca, simbolo dei crociati e della risurrezione. Sullo sfondo tre alberi ambientano la scena in esterno. Alcuni elementi avvicinano l'affresco alla sfera di Pietro Cavallini, ma anche alla bottega di Giotto, che fu a Napoli tra il 1328 e 1333.Il secondo insieme dipinto si presenta come un'abside sormontata da un arco trionfale in miniatura. Nell'abside si vede il pianto della Vergine e di San Giovanni per il Cristo morto. Il suo corpo è rappresentato come rialzato senza sostegno, con la parte inferiore nel sarcofago. Un confronto abbastanza prossimo è dato dalla tavola di Roberto Oderisio, ma esistono molte diversità, quali l'anatomia del corpo, l'atteggiamento della Vergine in atto di aggiustarsi il manto e poco addolorata. Nella sacrestia della chiesa bisogna segnalare la presenza di un affresco sullo stesso tema. Ma è una pittura eseguita con molto più talento grafico e coloristico che il prof. Hartman ha attribuito a Roberto D' Oderisio.
Ritornando all'ambone, sul muro che delimita la nicchia è rappresentata l'Annunciazione. A sinistra, l'Arcangelo Gabriele srotola un volume su cui vi sono le prime parole della Ave Maria, sulla destra la Vergine, inclinata, le mani incrociate sul petto riceve una colomba bianca, inviata da una piccola figura del Padre Eterno, posta sopra la chiave dell'arco.
Interessante il rilievo in gesso di Santa Caterina d'Alessandria, opera di un buon plasticatore che operava nella scia di Tino da Camaino.
Nella cripta sono presenti affreschi che vanno datati al XIV secolo; essi raffigurano il Redentore nella simbolica mandorla, circondata da Angeli, oltre i simboli degli Evangelisti, ed altre immagini di cui restano solo delle tracce.